Προκειμένου να ανακτηθούν όσο το δυνατόν περισσότερες πληροφορίες, από την αρχή της ανασκαφής εφαρμόστηκε ένα πλήθος μεθόδων και τεχνικών. Πολλές από αυτές αποτέλεσαν καινοτομία για την εποχή τους, όπως η χρήση ηλεκτρικής σκούπας για τον καθαρισμό σκαμμάτων, η απόσπαση εκτύπων από στρωματογραφικά προφίλ, η αεροφωτογράφηση με χρήση ελικοπτέρου, η ραδιογράφηση των μεταλλικών ευρημάτων. Πρόκειται επίσης για μια από τις πρώτες περιπτώσεις διενέργειας γεωφυσικών διασκοπήσεων σε αρχαιολογικό χώρο στην Ελλάδα. Τα χρόνια που ακολούθησαν οι μέθοδοι αυτές εμπλουτίσθηκαν με νέες, όπως το υγρό κοσκίνισμα, η μικρομορφολογία ιζημάτων και η λήψη γεωπυρήνων. Συχνά η ιδιαιτερότητα των ανακαλύψεων απαιτούσε ειδικές λύσεις, όπως η μονοκόμματη απομάκρυνση του βωμού στον βόρειο ναό το 1976, η προσωρινή αποσυναρμολόγηση της κλασικής κατασκευής πάνω από το άδυτο στον νότιο ναό το 2009 και η συντήρηση, απομάκρυνση και επανατοποθέτηση του πεσμένου αετώματος του νότιου αρχαϊκού ναού το 2016–2017.