Um so viele Informationen wie möglich zu gewinnen, wurden von Beginn der Ausgrabung an diverse Methoden und Techniken angewandt. Viele davon waren für die damalige Zeit innovativ, wie z. B. der Einsatz von Staubsaugern zur Reinigung der Planflächen, Lackprofile, Luftaufnahmen mit einem Hubschrauber und Röntgenbilder für Metallfunde. Es handelt sich auch um eine der ersten archäologischen Stätten in Griechenland, an der geophysikalische Untersuchungen durchgeführt wurden. In späteren Jahren wurden diese Methoden durch neue ergänzt, wie z. B. das Schlämmen, mikromorphologische Untersuchungen der Sedimente und Erdbohrungen. Oft erforderte die Besonderheit der Befunde auch spezielle Lösungen, wie die Blockbergung des Altars im Nordtempel im Jahr 1976, der vorübergehende Abbau des klassischen Einbaus über dem Adyton im Südtempel im Jahr 2009 und die Restaurierung, Hebung und Zurückversetzung des umgestürzten Giebels des archaischen Südtempels in den Jahren 2016–2017.